Il Museo della Basilica di Santa Maria delle Grazie si trova a San Giovanni Valdarno, nei locali adiacenti alla Basilica e riunisce numerosi dipinti provenienti da chiese e conventi della città e del territorio. La raccolta è costituita da un nucleo significativo di dipinti del Quattrocento fiorentino con opere di Giovanni di Ser Giovanni detto lo Scheggia, fratello di Masaccio, di Mariotto di Cristofano, suo cognato, di Giovanni di Piamonte, allievo di Piero della Francesca, Domenico di Michelino e Iacopo del Sellaio e soprattutto il capolavoro dell’Annunciazione di Beato Angelico. Sono presenti anche alcune opere seicentesche, tra cui spicca la bella Decollazione del Battista di Giovanni da San Giovanni. Nella nuova esposizione del 2005 hanno trovato posto materiali inediti come preziose argenterie e una pregevole raccolta di paramenti sacri, libri ed un affresco di Giovanni da San Giovanni.